De novo Assembly는 아직 유전체 정보가 밝혀지지 않은 새로운 생물 종의 유전체 염기서열 정보를 확보하는 기술입니다.
long-read 기반의 Nanopore sequencing 기술과 short-read 기반의 Illumina sequencing 기술을 병합하여, Hybrid sequencing 기술을 통해 NG50 score와 base-pair quality 두 부문에서 모두 높은 high-quality genome을 제공하고 있습니다.
Hi-C 란 염색질의 interaction 정보를 생산하는 첨단 시퀀싱 기술로, 해당 정보를 이용하여 유전체 정보의 물리적 인접도를 알 수 있습니다.
먼저 염색질들의 교차된 (cross-linked) 상태를 chimeric sequence 형태로 추출하는 자체 기술을 통해 Hi-C Library를 구축합니다. 이후 시퀀싱 정보를 이용하여, 최초로 생성된 contig들을 chromosome-level로 scaffolding 할 수 있으며, 최종적으로 완성도 높은 유전체를 정보를 생성할 수 있습니다.
3세대 시퀀싱 기술이 발전하면서 세계적으로 long read sequencing을 이용한 Chromosome level의 고품질 Genome assembly가 증가하는 추세 속에 Hi-C scaffolding은 필수적인 기술이라 할 수 있습니다.
